Ingénieur R&D en sélection phénomique

Entreprise

Le SYSAAF est un organisme d’appui technique en amélioration génétique. Son équipe de 22 ingénieurs (dont 4 thèses CIFRE) travaille en interactions avec de nombreux chercheurs des principaux organismes de recherche français (INRAE, Ifremer, ANSES, CNRS, Universités) pour conseiller une trentaine d’entreprises investissant dans la domestication et la sélection génétique des 33 espèces avicoles, aquacoles et entomocoles en France et à l’étranger. Les principales activités du SYSAAF sont l’appui à la définition et au suivi des programmes de sélection, la mise à disposition de systèmes informatiques de collectes et d’archivage de données, l’indexation génétique et génomique des candidats des lignées des entreprises et une R&D répondant aux attentes des entreprises (biotechnologies de la reproduction, génétique quantitative, phénotypage haut-débit, développement d’outils génomiques)

Description de la mission

La sélection phénomique consiste à estimer la ressemblance entre individus d’une population en se basant sur des données de phénotypage, ici la spectroscopie (https://doi.org/10.1534/g3.118.200760). L’objectif de la mission sera d’étudier la faisabilité de la sélection phénomique chez trois espèces aquacoles.

La personne recrutée traitera les données (spectres, génotypes, phénotypes), en s’appuyant sur des scripts et logiciels existants, et sur l’expertise des partenaires scientifiques du projet PHENOMIX (SYSAAF, INRAE, Ifremer, CNRS). Des développements complémentaires seront nécessaires pour interpréter les résultats obtenus, et pour comparer les résultats de sélection phénomique avec les résultats de sélection sur pedigree ou génomique produits en amont du projet. La personne recrutée sera impliquée dans la valorisation des résultats, ainsi que dans l’acquisition de données sur une génération de truites (participation à un chantier de mesures).

Profil : Master 2 en mathématiques appliquées, ou Doctorat en génétique/génomique quantitative

Des compétences en génétique quantitative ou mathématiques appliquées, ainsi qu’un attrait pour le calcul matriciel, sont nécessaires. La personne recrutée sera conduite à utiliser des serveurs sous Linux, des logiciels de statistique (R) et d’évaluation génétique et génomique (suite blupf90). La maîtrise de l’anglais est attendue. Des connaissances en spectrométrie et/ou en zootechnie aquacole seront appréciées.

Ingénieur en calcul scientifique haute performance

Dans le cadre du projet PRACE, la Maison de la Simulation propose un poste d’ingénieur spécialiste du calcul haute performance.

Il ou elle sera en charge de participer à l’expertise applicative pour les utilisateurs des machines Tier-0 de l’infrastructure PRACE.

Après une première phase d’instrumentation des codes cibles à l’aide d’outils d’analyse de performance adaptés à l’exascale, vous pourrez être amené à réécrire, en collaboration avec les scientifiques développeurs des codes, tout ou partie de ces applications avec de nouveaux modèles de programmation ou langages afin de les adapter aux spécificités des architectures Tier-0 massivement parallèles et éventuellement hybrides accélérées de PRACE.

Ce travail s’effectuera au sein des équipes de la Maison de la Simulation et de l’IDRIS, spécialistes du calcul haute performances. La personne sélectionnée rejoindra le HLST (High Level Support Team) Français piloté par un ingénieur de l’IDRIS.


Compétences :

  • Thèse ou diplôme d’ingénieur dans un domaine scientifique fortement connexe au calcul intensif;
  • Connaissances opérationnelles des techniques et langages de programmation (Fortran90, C ou C++) et du développement de codes applicatifs;
  • Bonne expérience dans la parallélisation (MPI, OpenMP) et l’optimisation de codes scientifiques sur diverses architectures (SMP, MPP) dans un environnement Unix;
  • Maîtrise de l’anglais technique à l’écrit et à l’oral (collaboration avec des chercheurs Européens);
  • Aptitude à travailler en équipe.

En complément, des connaissances ou une expérience dans un ou plusieurs des domaines suivants seront appréciées :

  • Utilisation d’outils d’analyse de performance et de débogage sur des applications parallèles;
  • Expérience du calcul sur accélérateur (GPU);
  • Connaissance de l’architecture des ordinateurs;
  • Connaissance de langages de script (Python,…).

Localisation : La Maison de la Simulation est située sur le plateau de Saclay et bi-localisée dans le bâtiment de l’IDRIS et dans le bâtiment Digitéo du site du CEA/Saclay.

Ce poste est un CDD du CEA (2 ans, renouvelable) proposant des conditions de travail et un salaire attractifs.

Envoyer vos candidatures (CV, lettre de motivation et références) ainsi que vos demandes d’information complémentaire à : info@maisondelasimulation.fr